本学科是国家批准的第一批硕士点和博士点，主要包括生物催化与生物转化、药学生化与分子生物学、微生物次级代谢产物的研究等3个研究方向。其中既包括具有多年研究经验并取得丰硕成果，在国内处于领先水平的优势研究方向，也包含了为适应目前药学领域发展而建立的新兴研究内容。
自1998年以来，共承担科研项目40余项，其中国家重大专项6项、国家自然科学基金、“九五”攻关项目和省自然科学基金项目共24项。近5年国内外发表学术论文100余篇,其中SCI收载50余篇，此外，出版的代表性专著（或授权发明专利）以及教学科研获奖数十项。
方向一
生物催化与生物转化和创新药物
利用天然菌或工程菌体内特定的酶完成药物合成工艺中的关键步骤，其常常为某些化学反应难以进行（步骤多，加去保护基）或不能进行的反应，且转化产物立体构型单一，条件温和，收率高，且有利于保护环境, 符合可持续发展战略；采用生物信息学手段，构建药用功能酶的蛋白模型，进行分子对接，并以此为依据对酶基因进行定向改造，提高其对特定底物的催化效率，得到具有新催化性质的酶分子，并最终将其用于手性药物及其中间体的制备和新药开发。
方向二
微生物次级代谢产物的研究
利用现代生物技术研究微生物药物的生物合成和代谢调控，克隆微生物药物生物合成基因和调控基因，阐明代谢产物生物合成途径和代谢调控机制，采用理性化筛选和基因工程方法，改造微生物的基因结构，进而改变代谢产物的组分，提高有效组分的含量和产量。同时，研究代谢产物的分离纯化工艺。
方向三
药学生化与分子生物学
应用生物化学等理论和技术，从天然动物药分离纯化筛选具有自主知识产权的蛋白质、多肽、酶等生物大分子新药先导化合物；应用分子生物学等理论和生物技术，建立具有自主知识产权的基因工程药物原核细胞高效表达系统、基因工程药物转基因植物的技术及平台，并实现产业化。
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