中西医结合基础学科是将传统的中医中药知识与西医的知识和现代研究方法结合起来，阐明药物作用机理进而获得新的医学认识的一门学科。我国中西医结合的历史可以追溯到19世纪下半叶到20世纪初，随着西方医学在我国的广泛传播，形成了中、西医两种医学并存的局面，我国政府采取一系列中西医结合的发展策略，使中西医结合人才培养系统实现科学化。中西医结合基础学科是我国第一批硕士点（1981年起设立）。沈阳药科大学中西医结合基础硕士点于2005年经国务院批准授权设立的医学硕士点。
依据研究生教育要“面向现代化、面向世界、面向未来”的要求，培养德、智、体全面发展的现代化建设所需要的中西医结合专业的专门人才。培养具有中西医结合基础思维的研究型、技术型和临床型等多元化人才。本学科点依托中西医结合一级学科招收中西医结合基础方向研究生，为培养掌握中药学、药理学、中医学基础、微生物学、免疫学、细胞分子生物学等方面的基础理论和系统的专门知识和技能，了解本研究方向的国内外发展动态，较熟练地掌握一门外国语，具有具有中西医结合基础思维的研究型和技术型人才，为我国特有的中西医结合人才起到有力的促进作用。毕业后能胜任高等院校、科研院所、企业和其他单位的教学、科研、技术管理工作。
本学科注重科研与教学相结合，高层次人才培养质量高，在国内外有较强学术影响力；学科建设有规划，任务明确.学科内含省级重点实验室1个，市级重点实验室1个，国家精品课1门，省级精品课3门。
中西医结合基础学科现有教师35人，教授18人，副教授9人，24人有博士学位，学科带头人和学术带头人均有留学经历。其中具有博士学位的人员占80%，45岁以下人员占50%，学科成员学历高，年龄结构合理，团队科技实力强，是一支有较强学术影响力的科研队伍。
主要研究方向介绍
方向一：中医药对超敏反应影响的基础与临床研究
采用现代方法和手段，在分子生物学及生命科学研究取得的成果的基础上，采用新的活性筛选体系，从中药及天然药物中筛选、追踪新的活性成分，通过其构效关系发现前体药物，为新药研究提供先导化合物，在此基础上进行临床前治疗效果的研究。
方向二：中药成分体内代谢化学及细胞色素介导的中西药相互作用
利用现代色谱分离方法解决代谢产物分离中的关键技术问题，搭建起中药成分代谢产物提取、分离和鉴定的技术平台，研究中药成分在体内的代谢变化规律及代谢转化后对中药发挥药效的作用。本研究可为同时服用中药和西药的药效机制研究和安全性评价开辟了一条新的道路。
方向三：真菌生物活性物质研究及治疗超敏反应的物质基础：
（1）利用天然菌或工程菌体内特定的酶完成药物合成工艺中的关键步骤，其常常为某些化学反应难以进行或不能进行的反应，且转化产物立体构型单一，条件温和，收率高。本研究方向有助于辅助阐明人体的药物代谢途径、不同结构药物的代谢规律、药物药理作用机制，指导临床用药；为药物的结构改造、制剂改良启迪思路，寻找活性高毒副作用低的先导化合物。（2）从体外抑菌与体内抗炎两方面着手，旨在探讨单味中药与复方用药区别与联系，为研制出治疗感染性疾病的新药，提供有益的工作基础。
方向四：免疫性疾病发病机制及中西医结合治疗研究：
以类风湿关节炎、强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮、干燥综合症等风湿免疫疾病为研究方向，突出中西医结合研究治疗风湿免疫疾病的优势。
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